История церкви XX века очень трагична. В 1929 году, в годы безбожия и атеизма, храм был закрыт и богослужения в нем прекратились. В 1930-е годы были разрушены колокольня (служившая некоторое время вышкой пожарного поста), часовня, обходные галереи, ворота с ажурной решеткой и другие сооружения, выполненные по проекту известного казанского архитектора Ф. Малиновского. С 1937 по 1979 годы здесь размещался Краеведческий музей Чувашской АССР. В конце 70-х, когда началось строительство Чебоксарской ГЭС, многие храмы города, находившиеся в этой части (ныне Залив), попали в зону затопления и были разрушены. Успенский был частично сохранен, но пришлось засыпать песком первый этаж и сделать вокруг здания бетонный остов. Теперь он находится как бы «на островке». Планировалось сделать в здании реставрацию и переделать его в органный зал, но данной идее не суждено было исполниться.